اسلام و پژوهش‌های مدیریتی

 
مقدمه
شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، به‌عنوان تنها مرجع در نظام حوزوي کشور، مأموريت و وظيفه حساس و پيچيده مديريت راهبردي و سياستگذاري حوزه‌هاي علميه را بر عهده دارد. مهم‌ترين وظيفه اين شورا ابتدا، سياست‌گذاري در حوزه‌هاي علميه است که ابعاد گوناگوني دارد (خامنه‌اي، 8/9/1386). يکي از وظائف اين نهاد تدوين چشم‌انداز بيست ساله براي حوزه‌هاي علميه است (همان، 8/9/1386). ضمن آنکه اين شورا مي‌تواند نقش ناظر و بازرس برون دستگاهي را نيز ايفا کند (همان، 16/11/1388).
ازآنجاکه شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، مرکز سياست‌گذاري و مديريت راهبردي حوزه‌هاي علميه محسوب مي‌شود، نيازمند داشتن نگاهي دور انديش و بصيرتي راهگشا است تا بتواند سياست‌هاي کلان حوزه را هدايت نمايد. لازمة اين امر، دو راه‌کار است:
1. تشکيل شورايي متشکل از دوازده يا پانزده نفر از فضلاي طراز اول حوزه که در خصوص سياست‌هاي کلان حوزه‌هاي علميه با هم تبادل نظر نمايند (خامنه‌اي: 30/11/1370).
2. بهره‌گيري از نتايج تلاش‌‎هاي کارشناسانه در حوزه‌‌هاي علميه و در اختيار داشتن اطلاعات جامع از حوزه‌هاي علميه سراسر کشور. البته امکان تجزيه و تحليل و بهره‌گيري از اين نتايج و اطلاعات، زماني فراهم خواهد شد که شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، داراي پشتوانه علمي و فکري مناسب براي تأمين دانش و بصيرت مديريت راهبردي حوزه‌هاي علميه باشد. از‌اين‌رو، اين شورا بايد مجموعه‌اي کارشناسي داشته باشد که مسائل گوناگون را اولويت‌بندي، مطالعه و تحليل کنند و طرح‌هاي بلندمدت، ميان‌مدت و کوتاه مدت را آماده نمايند (همان، 22/2/79).
اين مقاله تلاش مي‌کند رويکرد راهبردي شوراي حوزه‌هاي علميه، تحت نظارت حضرت آيت‌الله يزدي (حفظه الله) در دوره پنجم را مورد مطالعه و جمع‌بندي قرار دهد. در نخستين گام، با توجه به اينکه ادبيات موجود، مديريت راهبردي از انسجام لازم برخوردار نمي‌باشد و براي فهم بهتر رويکرد شوراي عالي، سعي شده است مفاهيم تفکر استراتژيک (راهبردي)، برنامه‌ريزي استراتژيک (راهبردي) و مديريت استراتژيک از يکديگر بازشناخته شوند. همچنين اقتضائات و لوازم آنها بيان شود تا بتوان مدلي را که تحول حوزه‌هاي علميه براساس آن در دوره پنجم شوراي عالي حوزه‌هاي علميه طراحي و برنامه ريزي شد، بهتر درک کرد. به نظر مي‌رسد، شناخت ابعاد کارهاي انجام شده در اين دوره از شورا، بتواند راهگشاي تحول حوزه‌هاي علميه باشد.
تفکر راهبردي
در زبان فارسي واژه «استراتژي» از نظر لغوي «راهبرد» معنا شده است (داوري 1380، ص79). تفکر استراتژيک يا راهبردي، جهت گيري مناسب و اصلي سازمان را مشخص مي‌کند. کارکرد اصلي آن، ايجاد فرصت‌هاي رقابتي براي سازمان است. جوهره تفکر راهبردي، نگرش سيستمي است. نگرش سيستمي، نگرشي کل نگر، منسجم و سازوار از سيستم ارائه مي‌دهد. در پرتو اين تفکر، مي‌توان تصوري يکپارچه و منسجم از محيط و سيستم پيدا نمود و جهت مناسب سازمان را تعيين کرد.
در واقع نگرش سيستمي، يک نگاه معرفت‌شناسانه درجه دو (کل‌نگر) است که به‌عنوان ابزار تجزيه و تحليل سيستم به کار مي‌رود. با اين نگرش، مي‌توان علل و عوامل و موانع رسيدن به اهداف سازمان را مشخص کرد و نسبت به مهندسي مجدد، ارتقاء يا نوسازي آن اقدام نمود. بنابراين، تفکر استراتژيک يک بصيرت و فهم سازماني است که با تصويري سازوار و منسجم از سازمان، مسير مناسب سازمان را تعيين مي‌کند. حاصل تفکر استراتژيک، تدوين مأموريت‌ها به معناي تدوين فلسفه وجودي سازمان مي‌باشد؛ يعني تدوين اموري که يک سازمان را از ساير سازمان‌ها و نهادهاي مشابه متمايز مي‌سازد و مزيت رقابتي آن را روشن مي‌کند. دراکر معتقد است:
کار اصلي مديريت استراتژيک اين است که از زاويه مأموريت شرکت، به سازمان نگاه کند؛ يعني مطرح کردن اين پرسش که کار اصلي ما چيست؟ باعث مي‌شود که هدف‌هايي تعيين گردد، استراتژي‌ها تدوين شوند، و تصميماتي امروز گرفته شوند که نتيجه آن فردا به دست مي‌آيد. ترديدي نيست که اين کار بايد به وسيله بخشي از سازمان انجام شود که مي‌تواند با ديدي گسترده به کل سازمان نگاه کند، و بين هدف‌ها و نيازهاي امروز و نيازهاي فردا توازن و تعادل برقرار کند (پارساييان و اعرابي، 1391، ص27).
برنامه‌ريزي راهبردي
«برنامه‌ريزي راهبردي»، به فرايند تعريف يک سازمان با توجه به قوت‌ها و ضعف‌هاي داخلي، فرصت‌ها و تهديدات محيطي و براساس مأموريت‌هاي مصوب سازمان اطلاق مي‌شود. خروجي برنامه‌ريزي استراتژيک، تهيه و تدوين اهداف بلندمدت سازمان (چشم انداز)، برنامه‌هاي بلندمدت (برنامه پنج‌ساله) و برنامه‌هاي ميان مدت و کوتاه مدت، بازنگري ساختارها، تدوين و اصلاح قوانين، تدوين شرح وظايف سازماني، اصلاح نظام بودجه و اعمال بودجه‌ريزي عملياتي خواهد بود. اين نوع برنامه‌ريزي، در سطوح عالي سازمان شکل مي‌گيرد و مانند چتري تمام سازمان را در بر مي‌گيرد. اين برنامه‌ها، مديران ارشد سازمان را قادر مي‌سازد تا انرژي سازمان را در انتخاب راه و هدف مشترک، صرف کنند، و همواره خود را با مأموريت‌هاي سازمان محک بزنند. در برنامه‌ريزي استراتژيک، بايد پيوسته سه سؤال مد‌نظر مديران استراتژيک باشد: 
1. جامعه مخاطب اين سازمان و نهاد کيست؟ براي چه کساني کار مي‌شود؟
2. چه خدماتي به جامعه هدف داده مي‌شود؟ چه کاري انجام مي‌شود؟
3. چگونه مي‌توان به برتري در حوزه مأموريتي دست پيدا کرد؟
اينجاست که يک برنامه راهبردي مي‌تواند نه تنها درک مديران را از اهداف سازمان بيشتر کند، بلکه مي‌تواند همگان را به سمت تحقق اهداف بسيج کرده، و همکاري ميان مديران يک سازمان (با پيش فرض‌هاي مشترک) را بسيار اثر بخش نمايد. خروجي اصلي برنامه‌ريزي استراتژيک، از جنس استراتژي است که مجموعه جهت گيري‌ها، حرکات و اقدامات منجر به اهداف را در قالب سند چشم انداز و برنامه‌هاي بلند و ميان و کوتاه‌مدت، ترسيم مي‌نمايد.
البته افزون بر اين برنامه‌ريزي، چهار مسئله ديگر نيز تبيين مي‌شود:
1. حوزه‌هاي راهبردي؛ قلمروهاي اساسي را مشخص مي‌کند که نقش عمده و محوري در ارتقاء سازمان دارند.
2. راه‌کارها؛ مجموعه‌اي از بديل‌ها به منظور پيمودن يک راه هستند.
3. خط مشي‌ها يا سياست‌ها؛ رهنمودهايي هستند که در تعيين اولويت‌ها و انتخاب اهداف به کار مي‌روند.
4. الزامات؛ مجموعه‌اي از بايدها و نبايدها که مراجع تصميم‌گيري بايد تدوين کنند.
مديريت راهبردي
پس از تبيين و توضيح دو مولفه اصلي مديريت راهبردي (تفکر و برنامه‌ريزي راهبردي)، مي‌توان به مفهوم مديريت راهبردي پرداخت. «مديريت راهبردي»، فرايند تصميم گيري است که براساس تفکر راهبردي به برنامه‌ريزي راهبردي، اجرا و ارزيابي راهبردها مي‌پردازد. در واقع، حلقه اتصال تفکر راهبردي، با برنامه‌ريزي راهبردي است. در اين نوع مديريت، بين مأموريت‌ها و برنامه‌هاي يک سازمان پيوند برقرار مي‌شود، و ساختارها و شرح وظايف آنها، به صورت يک واحد منسجم در خدمت اين مأموريت‌ها و اهداف قرار مي‌گيرند و ساماندهي مي‌گردند (صالحي، 1391، ص7).
مي‌توان ويژگي‌هاي مديريت راهبردي را اين‌گونه برشمرد: 
ـ مديريت راهبردي وظيفه مديريت عالي هر سازمان و نهادي است.
ـ‌ مديريت راهبردي معطوف به آينده است و همواره بايد در حال ارزيابي با رسالت و مأموريت‌هاي از پيش تعيين شده باشد.
ـ مديريت راهبردي سازمان را به صورت يک سيستم و کل نگاه مي‌کند. البته همراه با توجه به اجزاي سازمان.
ـ مديريت راهبردي سازمان را يک سيستم باز مي‌داند که پيوسته در حال تعامل با محيط است.
ـ مديريت راهبردي دائماً در حال هدايت مديريت‌هاي سازماني خود، در جهت تحقق اهداف و موزون کردن سيستم با اهداف است.
ـ مديريت راهبردي در توزيع منابع، هوشمندانه عمل مي‌کند و منابع محدود خود را در حوزه‌هاي غير راهبردي هزينه نمي‌کند.
ـ مديريت راهبردي ارتباط وثيق و تنگاتنگي با مفهوم بهره‌وري با سازمان دارد. دو عنصر کارآيي و اثربخشي، از مفاهيم مورد تأكيد اين نوع مديريت هستند.
بنابراين، الزامات مديريت راهبردي مي‌تواند موارد زير باشد:
ـ بايد حوزه‌هاي ستادي و راهبردي از حوزه‌هاي صفي جدا شوند و ساختار و وظايف آنها کاملاً تفکيک گردد. تا مديران ستادي و راهبردي بتوانند خود را از فرايندها و بحران‌هاي روزمره مديريتي جدا سازند، فعاليت‌هايي صفي را به مراکز صفي محول نمايند و به راهبري سيستم اکتفا نمايند.
ـ بايد کليه اجزاء يک سازمان، رابطه ارگانيک و تعريف شده داشته باشند و اصل همبستگي و پيوستگي صف و ستاد براساس مأموريت‌ها رعايت گردد.
بايد اقدامات ستادي و راهبردي متمرکز شود (مانند تدوين مأموريت‌ها، سند چشم انداز، برنامه‌هاي پنج‌ساله)؛ و امور غيرستادي به سطوح پايين‌تر و يا استاني واگذار گردد.
ـ بايد تداخل وظايف، موازي‌کاري سازماني و هم پوشاني‌ها رفع شود و براساس مأموريت‌ها، اجزاء سازمان هم‌افزا گردند.
ـ علاوه بر تحديد وظايف، بايد اختيارات به‌طور کامل تبيين شود.
ـ علاوه بر تحديد وظايف، بايد تحديد راهبردي وظايف سطوح مختلف سازمان مشخص شود.
ـ بايد اصل ارتباط و تجانس مأموريت‌ها با سند چشم‌انداز و برنامه‌ها رعايت گردد.
ـ بايد تعادل در حجم و اندازه ساختارها با مأموريت‌هاي محوله رعايت گردد.
ـ تدوين قوانين و شفاف‌سازي آنها و فرايندهاي سازماني، بايد براساس مأموريت‌ها و اسناد بالا دستي تعريف مجدد شود.
هرم نيروي انساني بايد براساس مأموريت‌هاي محوله اصلاح گردد.
به‌طور طبيعي، انجام اين امور، به منظم‌تر، معقول‌تر و منطقي‌تر شدن سازمان کمک خواهد کرد و بر انسجام سيستم در رسيدن به اهداف در چارچوب مأموريت‌ها تعين مي‌بخشد.
نکات مزبور را مي‌توان در جدول ذيل ترسيم کرد:
مديريت راهبردي
    مولفه‌ها    ويژگي‌ها    خروجي
    تفکر
راهبردي    تفکر کل نگر که تصويري يکپارچه و منسجم از محيط و سيستم مي‌دهد و جهت‌گيري مناسب سازمان را براساس ضعف‌ها و قوت‌ها تهديدها و فرصت‌ها، تعيين مي‌کند    مأموريت سازمان (فلسفه وجودي)
    برنامه‌ريزي
راهبردي    فرايند تعريف يک سازمان براساس مأموريت‌ها يا فرايند عيني‌سازي تفکر راهبردي در سازمان    ـ راهبردها شامل:
 1. سند چشم انداز
 2. برنامه‌هاي بلند، ميان و کوتاه مدت
ـ ساختار
ـ تدوين و اصلاح وظايف
ـ تدوين و اصلاح قوانين و مقررات 
ـ تدوين و اصلاح فرايندها
ـ بودجه‌ريزي عملياتي
ـ اصلاح هرم نيروي انساني
و...
    اجراي
راهبردها    فرايند انجام برنامه‌هاي راهبردي    
    ارزيابي
راهبردها    فرايند نظارت و ارزيابي راهبردها    ـ مهندسي مجدد سازمان
ـ ارتقاء يا نوسازي سيستم
تحول
مسئله تحول در حوزه‌هاي علميه، هنوز فاقد يک عقبه تئوريک، جامع و بومي است. اين امر، علاوه بر آنکه دست‌يابي به الگوي بايسته را دچار مشکل کرده، افراط و تفريط‌هاي زيادي را به دنبال خواهد داشت. پرسش‌هاي اساسي مانند فضاي تحول، اصول حاکم بر تحول، متوليان تحول، عرصه‌هاي تحول، پيش‌نياز‌ها و بسترهاي تحول و آسيب‌هاي تحول از جمله مهم‌ترين مسائل در اين عرصه هستند.
معناي لغوي «تحول»، تغيير و دگرگوني همراه با نوآوري در عرصه‌هاي گوناگون مديريتي است. از‌اين‌رو، وندال و همکاران او در کتاب مديريت تحول، تحول سازمان را تلاش به منظور اصلاح و بهبود چشم انداز فعلي و آتي سازمان، توانمندسازي اعضاء، يادگيري فرايند حل مسئله مي‌دانند (الواني، دانايي‌فرد، 1379، ص9). البته آنچه مهم است، متعلقِ تحول است: تحول چه چيزي؟ تحول چه کسي؟ تحول در مديريت، تحول در مأموريت، تحول در برنامه‌ها، ساختارها، منابع انساني يا تحول در بودجه‌ريزي و...؟ آنچه در اينجا مدنظر است، تحولّ به معناي تحول در انديشه و نگرش‌ها است. و به تبع آن، تحول در رفتارها و تعاملات درون و برون سيستمي. اگر تحول در انديشه پديد آمد، تحول در همه اجزاء و اضلاع سازمان رخ خواهد داد. تحول در انديشه؛ يعني تغيير تفکر سنتي و کلاسيک در اداره سازمان، به تفکر راهبردي که جوهره آن نگرش سيستمي است.
بر اين اساس، تحول در حوزه‌هاي علميه به معناي تغيير و جايگزيني نگاه سنتي به حوزه‌هاي علميه، و نگاه و تفکر راهبردي به حوزه‌هاي علميه است. براي نمونه، اگر حوزه‌هاي علميه نسبت به محيط اعم از جامعه، نظام اسلامي و جامعه بين‌الملل مسئول باشند، مأموريت‌ها و وظايف آنها به يک صورت خواهد بود. و اگر مسئول نباشند، وظايف آن صورت ديگري خواهد داشت.
اساس فرمايش مقام معظم رهبري، مبني بر «تحول يعني به روز بودن، به هنگام جلو رفتن و از حوادث عقب نبودن» (خامنه‌اي 1386). همين تفکر راهبردي است؛ چراکه لازمة به روز بودن و به هنگام بودن، تفکر راهبردي و کل نگري نسبت به حوزه‌هاي علميه است. سازمان حوزه را با مأموريت‌ها ارزيابي کردن و از آنها عقب نماندن است. لازمة تفکر راهبردي، آينده‌نگري است. «اين آينده‌نگري اگر امروز در حوزه قم انجام نگيرد و به وضع موجود راضي باشيم و همين که «حالا حوزه را يک جوري اداره کنيم» به اين اگر قناعت کنيم، يا حوزه‌اي نداريم يا حوزه‌اي رو به انحطاط خواهيم داشت» (خامنه‌اي، 1386). بنابراين، از تحول نمي‌توان سرباز زد؛ زيرا اول آن‌که تغييرات محيطي به‌شدت روزافزون هستند، و به تبع آن، تقاضاهاي محيطي از حوزه‌هاي علميه دوچندان است. دوم، نگرش و بينش طلاب و دانش پژوهان حوزوي تغيير کرده است و طبيعتاً با سازوکارهاي سنتي چه به لحاظ محتوا و چه به لحاظ اجرا تطابقي ندارد. ازاين‌رو، صرف‌نظر از اينکه عامل ايجاد تغيير و تحول در حوزه‌هاي علميه دروني باشد يا بيروني، تحول امري اجتناب‌ناپذير است. مقاومت در مقابل آن، موجب انزوا و انحطاط خواهد شد. درحالي که شناخت عوامل تحول، و مديريت و هدايت آن به‌گونه‌اي منطقي، موجب اثربخشي نهاد حوزه خواهد شد.
«تحول رخ خواهد داد و اگر موجودي تن به تحول ندهد يا خواهد مرد يا منزوي خواهد شد. و حوزه علميه اگر از تحول بگريزد، منزوي خواهد شد چون مايه دين مانع مردن اوست» (خامنه‌اي، 1386). «البته بايد اين تحول در جهت صحيح و درست مديريت شود» (همان)؛ چراکه اگر تحول خوب مديريت نشود، اين فرصت تبديل به تهديد مي‌شود. البته ايجاد تحول نيازمند به رهبري تحول است که در حوزه علميه، ستاد اين رهبري شوراي عالي حوزه‌هاي علميه تعيين شده است.
مديريت تحول حوزه‌هاي علميه
تحول در حوزه‌هاي علميه که جز با نگرش جامع، کل نگر، منسجم و سازوار (تفکر راهبردي) و ناظر به همه ابعاد و بايستگي‌هاي حضور روحانيت در عينيت جامعه، امکان‌پذير نيست. با توجه به گستردگي اين عرصه، نقشه راه تحول حوزه‌هاي علميه در دوره پنجم شوراي عالي حوزه‌هاي علميه براساس دو محور تنظيم شد:
1. بخش زيربنايي
مراد از اين بخش، تحول در زيرساخت‌هاي حوزه‌هاي علميه است که جنبه مقدماتي براي تحول اصلي دارد. مانند تدوين مأموريت‌ها و سند چشم انداز، بازتعريف ساختارها براساس مأموريت‌هاي جديد، تحديد وظايف در دو سطح موضوعي و راهبردي، تدوين و بازنگري قوانين و مقررات و تنقيح آنها، بودجه‌ريزي عملياتي و مانند آن.
2. بخش روبنايي
مراد از اين بخش تحول در آموزش، پژوهش، تبليغ و تهذيب حوزه‌هاي علميه است. درواقع هدف اصلي، تحول مي‌باشد. طبق مصوبه شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، نقطه عزيمت و کانوني تحول در حوزه‌هاي علميه، نظام آموزشي‌ـ تربيتي حوزه‌هاي علميه است.
البته شوراي عالي حوزه‌هاي علميه در دوره پنجم، به لحاظ منطقي ابتدا ايجاد زيرساخت‌هاي سازماني تحول را در دستور کار خود قرار داد، سپس تحول در بخش روبنايي را (محمد يزدي، 1390). گام‌هاي تحول در بخش زيربنايي، به شرح ذيل قابل جمع‌بندي است:
1. تدوين مأموريت‌هاي حوزه علميه
همان‌گونه که گذشت، خروجي تفکر راهبردي، تدوين ماموريت‌ها به معناي تدوين فلسفة وجودي سازمان است. در اين زمينه و در اولين گام، تهيه و تدوين مأموريت‌هاي حوزه علميه از مهم‌ترين اقدام‌هاي انجام شده مي‌باشد. بر اين اساس، مأموريت‌هاي حوزه‌هاي علميه به شرح ذيل تعيين گرديد:
1. استنباط، تبيين و تعميق آموزه‌هاي اسلام و مکتب تشيع در عرصه‌هاي مختلف علوم و معارف اسلامي، به‌ويژه فقه.
2. صيانت هوشمندانه و روشمند از اسلام و مکتب اهل‌بيت در برابر شبهات، بدعت‌ها، خرافات، التقاط و انديشه‌هاي انحرافي.
3. هدايت جامعه اسلامي با تکيه بر تعليم، و گسترش معنويت، اخلاق و رفتار اسلامي.
4. اهتمام به تحقق تمدن اسلامي براساس آموزه‌هاي قرآن کريم و مکتب اهل‌بيت.
5. هدايت، پشتيباني و حمايت از تحکيم، تقويت و اعتلاي نظام اسلامي.
6. نظريه‌پردازي و توليد علم در حوزه‌هاي مختلف علوم اسلامي و انساني.
7. تربيت نيروي انساني براي رفع نيازهاي ديني جامعه، نظام اسلامي و حوزه‌هاي علميه.
8. تبليغ و ترويج معارف اسلامي در سطح ملي و فراملي.
تدبّر در مأموريت‌هاي مصوب، حکايت از عمق و دقت در انتخاب واژگان دارد. به علت محدوديت مقاله، در اينجا به نکات برجسته آن، اشاره مي‌کنيم:
1. توجه به تفاوت واژگان استنباط، تبيين و تعميق و لزوم رعايت آنها در تمام علوم حوزوي (مانند فلسفه، کلام، تفسير و البته تأكيد ويژه بر فقه است). اين مأموريت نشان مي‌دهد که مأموريت حوزه‌هاي علميه منحصر در فقه و فقاهت نيست، بلکه تمام علوم حوزوي در متن مأموريت قرار دارند و هيچ علمي در حاشيه نيست. از‌اين‌رو، خروجي‌هاي حوزه‌هاي علميه علاوه بر تربيت فقهاء، بايد مفسران، متکلمان، فلاسفه، عرفاء و... را نيز شامل شود.
2. توجه به تفاوت واژگان هوشمند و روشمند، که رابطه عموم و خصوص من وجه دارند؛ «صيانت هوشمندانه» يعني حفظ و حراست از اسلام و مکتب اهل‌بيت بدون آنکه بهانه دست مخالفان داده شود. «روشمند» به معناي آنکه از فعاليت‌هاي هم‌پوشان و موازي جلوگيري شود، ضمن آنکه از چارچوب علمي خارج نشويم. در اين بند، تفاوت مفاهيم شبهه، بدعت، خرافه، التقاط و انديشه‌هاي انحرافي مدنظر بوده است.
3. در مأموريت سوم به افعال جوارحي و جوانحي توجه شده است.
4. يکي از وظايف حوزه‌هاي علميه، تمدن‌سازي است (خامنه‌اي، 1389). اين امر در مأموريت چهارم مورد توجه قرار گرفت.
5. يکي از مأموريت‌هاي حوزه هدايت و پشتيباني نظام اسلامي است. البته پشتيباني به معناي حقيقي کلمه؛ يعني خوراک فکري نظام را بدهد و آن را توجيه ديني بکند (خامنه‌اي، 1370). ضمن آنکه مأموريت ديگر آن حمايت از نظام اسلامي در سه بعد تحکيم، تقويت و اعتلاي نظام است.
6. نظريه‌پردازي و توليد علم در دو حوزه علوم اسلامي و انساني، از مأموريت‌هاي جدي حوزه علميه است که همواره مورد تأكيد مقام معظم رهبري قرار گرفته است.
7. کادرسازي براي سه بخش: 1) نيازهاي ديني مردم مثل مبلّغ، مفسر، 2) نيازهاي نظام اسلامي مثل استادان دانشگاه، ائمه جمعه، مديران اجرايي، 3) نيازهاي حوزه علميه مانند مدرّس، مجتهد.
8. در مأموريت هشتم، نکته مهم واژه «معارف وحياني» است؛ يعني يکي از مأموريت‌هاي حوزه علميه تبيين، ترويج و دفاع از معارف حق همه اديان وحياني، اعم از مسيحيت، يهوديت و اسلام مي‌باشد و اختصاصي به معارف اسلامي ندارد. در واقع مأموريتي جهاني براي حوزه‌هاي علميه در نظر گرفته شده است.
9. اشاره دارد به مأموريت بين‌المللي حوزه‌هاي علميه، که وظيفه ترويج و تبليغ دين را بر عهده دارند.
2. تعيين ساختارهاي کلان
يکي از خروجي‌هاي برنامه‌ريزي راهبردي، تعيين ساختارهاي متناسب با ماموريت‌ها مي‌باشد. در اين زمينه، بازتعريف ساختارهاي کلان حوزه‌هاي علميه براساس مأموريت‌هاي مصوب، دومين گام در عرصه تحولات زيربنايي محسوب مي‌شود؛ زيرا لازمة تحقق مأموريت‌ها و چشم‌انداز، ساختار متناسب با آنها است؛ ساختاري که ميزان انعطاف‌پذيري را در مقابل تحولات بيشتر کند. 
افزون بر اين، قصور در تعريف دقيق روابط سازماني، موجب کاهش کارآيي و بروز ابهام و سردرگمي در سازمان مي‌شود. بنابراين، هر چه وظايف و فعاليت‌هاي افراد و گروه‌هاي کاري سازمان به‌طور دقيق‌تري تعريف شوند، سازمانِ کارا و اثربخش‌تري وجود خواهد داشت.
براساس مصوبه شوراي عالي، «شوراي عالي حوزه علميه قم» به «شوراي عالي حوزه‌هاي علميه» به‌عنوان سطح اول مديريت راهبردي حوزه‌هاي علميه تغيير نام يافت. در پي آن، «مرکز مديريت حوزه علميه قم» به «مرکز مديريت حوزه‌هاي علميه» به‌عنوان سطح دوم مديريت راهبردي تغيير عنوان پيدا کرد. سطح سوم، مديريت راهبردي، حوزه‌هاي علميه استاني به‌عنوان مراکز صفي براساس مصوبه شوراي عالي قرار گرفت. سطح چهارم مديريت، واحدهاي آموزشي و پژوهشي (مدارس علميه، مراکز آموزشي، مؤسسات آموزش عالي) قرار گرفت، که به صورت مستقيم، به امر آموزش و پژوهش طلاب مي‌پردازند. سطوح مديريت حوزه علميه را به صورت شکل ذيل مي‌توان نمايش داد:

3. تحولات در شوراي عالي حوزه‌هاي علميه
سومين گام از مجموعه اقدامات انجام شده در تحولات زيرساختي، تغييرات در سطح اول مديريت راهبردي حوزه‌هاي علميه (شوراي عالي حوزه‌هاي علميه) است که عبارتند از:
3ـ1. بازخواني وظايف شوراي عالي حوزه‌هاي علميه براساس مأموريت‌هاي مصوب. ادبياتي که در اين بازخواني مورد استفاده قرار گرفت، به منزله تجديد‌نظر در وظائف شوراي عالي حوزه‌هاي علميه است؛ و تحول شگرف از منظر تفکر راهبردي در سطح اول مديريت راهبردي حوزه‌هاي علميه را نشان مي‌دهد؛ زيرا مفاهيم و ادبيات به‌کار رفته در اين وظايف، نشان از فهم جديد اعضاي شوراي عالي، از حوزه‌هاي علميه و مأموريت‌هاي آنان دارد. مهم‌ترين نکاتي که در اين بازخواني مورد توجه قرار گرفت عبارتند از:
1. تعيين حوزه‌هاي راهبردي تحول. شامل نظام جامع آموزش، پژوهش، تبليغ، تهذيب، خدماتي و معيشتي طلاب، گزينش و اداري و مالي.
2. معرفي شوراي گسترش و شوراي اعطاي مجوزها و امتيازهاي علمي، به‌عنوان مراجع قانوني ارائه مجوز در حدود وظايف خود.
3. توجه ويژه به مأموريت بين‌المللي حوزه‌هاي علميه.
4. عنايت جدي به توليد نظام‌هاي معرفتي مورد نياز علوم انساني.
5. توجه ويژه به نخبگان و استعدادهاي برتر.
6. تأكيد بر گفتگوهاي علمي، تقريبي و بين ادياني.
7. توجه ويژه به تربيت نيروي انساني.
3ـ2. ايجاد دفتر مطالعات راهبردي براساس مصوبه شوراي عالي، با وظايفي چون آينده‌پژوهي حوزه‌هاي علميه، بررسي و تعيين الگوي تعامل حوزه علميه با نظام اسلامي، ترويج فرهنگ کلان‌نگري، تحول‌خواهي، جامع‌نگري و تفکر راهبردي، رصد دائم نيازهاي جامعه و نظام اسلامي و انطباق آن با خروجي‌هاي حوزه، تهيه و تنظيم سند چشم‌انداز و برنامه‌هاي راهبردي حوزه علميه.
3-3. واگذاري امور اجرايي از شوراي عالي، به سطوح بعدي مديريت حوزه علميه. مانند واگذاري مديريت کتابخانه‌ها و مرکز مديريت مطالعات و پاسخگويي به شبهات، به مديريت حوزه علميه استاني قم، و واگذاري مرکز آمار و اطلاعات حوزه‌هاي علميه، به مرکز مديريت حوزه‌هاي علميه. اين واگذاري‌ها، در پي تأكيدات مقام معظم رهبري مبني بر عدم ورود شوراي عالي حوزه‌هاي علميه در کارهاي اجرايي بود.
3ـ4. علاوه بر شوراي گسترش حوزه‌هاي علميه، که وظيفة بررسي و تصويب ايجاد يا توسعه رشته‌هاي تحصيلي را داراست، شوراي اعطاي مجوزها به‌عنوان يکي ديگر از شوراهاي اقماري، وظيفه اعطاي مجوز به مجلات علمي، تأسيس انجمن‌ها و قطب‌هاي علمي، اعطاي امتيازات به کرسي‌هاي نظريه‌پردازي، نقد و مناظره و آزادانديشي را بر عهده دارد. در واقع، يکي از راهبردهاي شوراي عالي، تفويض امور به شوراهاي اقماري براي تسهيل در فرايند تصميم‌گيري‌هاي حوزوي و رفع انسداد سازماني است.
در همين زمينه، و براي نظم بخشي در انجام مأموريت‌هاي شوراي گسترش، آيين‌نامه‌هاي مختلفي تهيه و تنظيم شده است که در بخش تحولات در واحدهاي آموزشي بيان خواهد شد. براساس مصوبه شوراي عالي انقلاب فرهنگي، شوراي گسترش حوزه‌هاي علميه، صلاحيت تصميم‌گيري در شش رشته از رشته‌هاي حوزوي مثل فقه، اصول، تفسير، تاريخ و... را دارا بود. اما براساس پي‌گيري انجام شده در دوره پنجم، براساس مصوبه جلسه 644 مورخ 5/3/1388، صلاحيت تصميم‌گيري و تصويب کليه رشته‌هاي حوزوي و علوم انساني مرتبط با مأموريت‌هاي حوزه، به شوراي گسترش حوزه‌هاي علميه تفويض داده شد. اين اقدام از جمله مهم‌ترين تحولات زيرساختي در عرصه ايجاد و توسعه رشته‌هاي تحصيلي حوزوي است.
به دنباله اين مجوز، ده‌ها رشته‌ در مقطع سطح سه حوزه (کارشناسي ارشد) مورد تصويب قرار گرفت. مانند رشته فلسفه اسلامي، اخلاق و تربيت اسلامي، تاريخ اسلام، مطالعات زنان، اخلاق و تربيت اسلامي، مدرسي علوم عقلي، امامت. همچنين در مقطع سطح دو حوزه (کارشناسي)، چندين رشته مورد تصويب قرار گرفت.
4. تحولات در مرکز مديريت حوزه‌هاي علميه
مجموعه اقدامات انجام شده در سطح دوم، مديريت راهبردي، حوزه‌هاي علميه در چند بخش قابل دسته‌بندي است:
طراحي مجدد ساختارها 
در دوره جديد، اين مرکز داراي نه معاونت است: آموزش، پژوهش، تبليغ، تهذيب، امور طلاب و دانش‌آموختگان، امور حوزه‌هاي علميه (امور استان‌ها)، بين‌الملل، آمار و بررسي (گزينش) و اداري‌ـ مالي. علاوه بر اين، معاونت‌ها شش واحد مديريتي ديگر شامل دفتر برنامه‌ريزي و نظارت، مرکز نخبگان و استعدادهاي برتر، مرکز تدوين متون درسي، مرکز فناوري اطلاعات و ارتباطات، مرکز آمار و اطلاعات و بالاخره، حوزه رياست، براي انجام مأموريت‌ها ساماندهي شد. البته از اقتضائات و لوازم مديريت راهبردي، وجود ستاد چابک، فعّال و متناسب با مأموريت‌ها است. اين امر بارها مورد تأكيد مقام معظم رهبري قرار گرفت و در نهايت، مقرر شد نسبت به چابک‌سازي اقدامات لازم صورت گيرد.
در اين ميان، نکته مهم آن است که براي اولين بار ساختار حوزه‌هاي علميه براساس قواعد و ضوابط خاصي تدوين شد. در ابتدا ضوابط ساختار سازماني شامل چگونگي توزيع وظايف، تعداد سطوح مديريتي و تعداد واحدهاي سازماني و تعاريف آنها براساس مصوبه شواي عالي مشخص شد. سپس، ساختارهاي مختلف تصويب شدند.
تعيين وظائف ستادي
تعيين وظايف مرکز حوزه‌هاي علميه، به‌عنوان سطح دوم ستاد مديريت راهبردي حوزه علميه، از مهم‌ترين اقدامات اين دوره بود. عمده‌ترين وظايف مقرره براي اين مرکز، به شرح ذيل مقرر شد:
تهيه و تنظيم نظام‌هاي جامع آموزش، پژوهش، تبليغ و تهذيب که مقرر شد نظام‌سازي اولين اقدام ستاد راهبردي حوزه‌هاي علميه قرار گيرد.
مراد از «نظام»، کليتي جامع از فرايندهاي پيوسته مرتبط است. فعاليت‌هاي داراي تعامل، همبستگي، وابستگي، پيوستگي و هدف مشترک، که در قالب يک موضوع واحد، داده‌هايي را به‌عنوان ورودي پذيرفته و بر روي آن پردازش کرده و نتيجه را به‌عنوان خروجي به محيط ارائه دهد (نيکوکار، 1387، ص 36)
بر اين اساس، هر نظامي داراي چهار عنصر اساسي است. ورودي، فراگرد، خروجي و بازخور. همچنين هر نظامي يک يا چند از اهداف و مأموريت‌هاي سازمان را تأمين مي‌کند. و در هر نظامي، به هفت سؤال پاسخ مشخص داده شود.
1. ورودي‌هاي نظام چيست و از چه نوعي است؟ زنجيره‌اي، تصادفي، بازخور؟
2. خروجي‌هاي مورد انتظار از نظام چيست؟
3. اين نظام، کداميک از وظائف اساسي نظام بالاتر از خود را (داد و ستد با محيط، رصد و مديريت) انجام مي‌دهد؟ و چگونه؟ آيا براي تأمين هر يک از خروجي‌هاي مورد انتظار از نظام، فراگرد مشخصي تعريف شده است؟
4. بازخورد نظام چگونه برقرار مي‌شود؟
5. محيط از چه عواملي تشکيل شده و هر يک از اين عوامل چه تأثيري بر روي آن مي‌گذارد؟
6. نظام با چه نظام‌هاي ديگري و چگونه ارتباط دارد؟ چه سازوکارهايي براي هماهنگي بين آنها لازم است؟
7. در درون نظام چه نظام‌هاي ديگري وجود دارد؟
با پاسخ به اين سؤالات هفت‌گانه، مي‌توان نظام‌سازي‌هاي مورد نظر را انجام داد. 
1. تعيين سياست‌ها و برنامه‌هاي مشارکت حوزه در برنامه‌ريزي آموزش ديني کشور.
2. برنامه‌ريزي براي ساماندهي پاسخ گويي به شبهات مختلف در حوزه دين.
3. ايجاد جريان‌هاي علمي و فرهنگي زمينه‌ساز تحقق معارف و ارزش‌هاي اسلامي.
4. برنامه‌ريزي در جهت صيانت از حوزه‌هاي علميه، به‌عنوان نهاد علمي دين محور، ريشه‌دار و برخوردار از الگوي مطلوب و قابل ارائه.
5. تعيين سياست‌ها و برنامه‌هاي مشارکت حوزه در تدوين نظام جامعه فرهنگي کشور.
6. برنامه‌ريزي در جهت تربيت استادان سطوح مختلف.
7. تعيين سياست‌هاي توسعه پژوهش‌هاي بنيادين و کاربردي، متناسب با نيازهاي حوزه علميه، نظام اسلامي و جهان اسلام.
8. برنامه‌ريزي براي راه اندازي و توسعه قطب‌ها، انجمن‌هاي علمي، کرسي‌هاي آزادانديشي، نقد و مناظره و مجلات علمي.
9. تعامل با ساير دستگاه‌ها براي ايجاد هماهنگي در امور پژوهش‌هاي ديني کشور.
10. برنامه‌ريزي براي تقويت و تعميق رويکرد ديني در علوم انساني.
11. برنامه‌ريزي براي حمايت از نظريه‌پردازي براي پشتيباني از نظام اسلامي.
12. برنامه‌ريزي براي کارآمد‌سازي نظام تبليغ ديني.
13. تهيه نقشه جامع اعتقادي کشور.
14. برنامه‌ريزي براي مقابله با انديشه‌هاي الحادي و انحرافي درون و برون مذهبي.
15. تهيه و تدوين سياست‌ها و برنامه‌هاي ارتقاء سطح معنوي، اخلاقي و رفتار اسلامي حوزويان و خانواده‌هاي ايشان.
16. تهيه و تدوين سياست‌ها و برنامه‌هاي افزايش مشارکت و آگاهي سياسي و اجتماعي حوزويان.
17. مميزي اخلاقي تمام قوانين و مقررات حوزه‌هاي علميه.
18. آمايش سرزميني واحدهاي آموزشي و پژوهشي.
19. برنامه‌ريزي براي رفع آسيب‌هاي سياسي، اجتماعي و اخلاقي وارده به طلاب.
20. برنامه‌ريزي براي تقويت همکاري‌هاي علمي و فرهنگي حوزه‌هاي علميه با حوزه‌هاي علميه شيعي خارج از کشور.
21. برنامه‌ريزي در جهت تسهيل همکاري‌هاي علمي و فرهنگي حوزه با ساير نهادها و مراکز بين‌المللي.
22. هدايت نخبگان و استعدادهاي برتر به سوي توليد علم و پاسخ‌گويي به نيازهاي جامعه اسلامي و حوزه‌هاي علمي.
5. ايجاد مديريت حوزه‌هاي استاني
يکي از عميق‌ترين و بي‌سابقه‌ترين تحولات زيربنايي، تأسيس مديريت حوزه علميه در هر استان (31 استان) است، به‌عنوان يکي از راه‌کارهاي تحول با دو هدف:
1. تمرکززدايي از مديريت اجرايي حوزه علميه و تفکيک صف از ستاد و واگذاري مسائل اجرايي حوزه علميه هر استان، به مديريت حوزه علميه همان استان.
2. حفظ يا احياي هويت علمي حوزه‌هاي استاني که داراي حيات تاريخي و بسيار پر رونق و منشأ اثر بوده است.
اين تمرکززدايي و تفويض امور اجرايي، ناشي از خطري است که تمرکز دارد:
خطر تمرکز اين است که به‌طور طبيعي اين مجموعه متمرکزي که در يک نقطه نشسته، نتواند به وقت به اجزاي اين اندام عظيم برسد و خون رساني کند و فرصت‌ها ضايع شود، اين عيب تمرکز است، حسن تمرکز، يکي بودن برنامه‌ها، يکي بودن معيارها و يکي بودن نتايج است. کاري کنيم که هم محسنات تحقق پيدا کند و هم از معايب تمرکز بپرهيزيد (خامنه‌اي، 1387).
با تأسيس مديريت حوزه‌هاي استاني، که در طول ستاد راهبردي تشکيل شده است، مشکلي که مقام معظم رهبري فرمودند برطرف شد. ضمن آنکه حسن آن هم باقي مانده است؛ زيرا؟ مديريت استاني در طول ستاد راهبردي حوزه‌هاي علميه و به صورت نظام مخروطي قرار گرفته است. اين مديريت که دو وظيفه عمده دارد: 1. سياستگذاري اجرايي متناسب با اقتضائات هر استان با توجه به سياست‌هاي کلان مصوب شوراي عالي حوزه‌هاي علميه؛ 2. اجراي راهبردهاي ابلاغي. 
در اين بخش، اقدامات فراواني صورت گرفته است. مهم‌ترين آنها عبارتند از: قانون تأسيس مديريت حوزه علميه استاني، شرح وظايف مديريت حوزه علميه استاني، شاخص‌هاي رتبه‌بندي حوزه علميه استاني آيين‌نامه مديريت حوزه علميه استاني، ساختار سازماني حوزه‌هاي علميه استاني براساس چهار رتبه، تعيين مديران استان‌ها و شوراهاي استاني.
6. ايجاد انضباط در تأسيس واحدهاي آموزش حوزوي
در اين بخش، متقاضيان تأسيس واحدهاي آموزشي حوزوي اعم از مدارس علميه، مراکز آموزشي حوزوي و مؤسسات آموزش‌هاي حوزوي، به صورت روشمند مي‌توانند در جريان فرايند تأسيس، مديريت و انحلال اين واحدها قرار گيرند. در همين زمينه، مي‌توان به تصويب آيين‌نامه تأسيس و انحلال مدارس علميه، مراکز تخصصي و مؤسسات آموزش عالي حوزوي، آيين‌نامه مديريت آنها و اساسنامه الگوي آنها اشاره کرد.
7. ايجاد انضباط در بخش منابع انساني، مالي و کالبدي
يکي از مهم‌ترين اقدامات انجام شده در بخش زيربنايي تحول، برقراري انضباط در حوزه‌هاي اداري، مالي و کالبدي حوزه‌هاي علميه است. نکته مهم در اين بخش اين است که تمام مصوبات اين بخش در کميته‌هاي اقماري شوراي عالي حوزه‌هاي علميه به تصويب رسيده است. مصوبات آنها، مصوبه شوراي عالي محسوب مي‌گردد و زمان جلسات شوراي عالي حوزه مصروف اين قبيل آيين نامه‌ها نشده است. برخي از اين قوانين عبارتند از:
1. قانون استخدام کارمندان حوزه علميه؛ 2. آيين‌نامه آزمون عمومي و تخصصي استخدام؛
3. آيين‌نامه گزينش کارمندان حوزوي؛ 4. آيين‌نامه حقوق و مزايا؛ 5. آيين‌نامه حضور و غياب کارمندان؛ 6. آيين‌نامه انتقال و مأموريت کارمندان؛ 7. آيين‌نامه ارزشيابي کارمندان واحدهاي حوزوي؛ 8. قانون رسيدگي به تخلفات اداري؛ 9. آيين‌نامه خدمات رفاهي کارمندان؛ 10. آيين‌نامه مرخصي کارمندان حوزه‌هاي علميه؛ 11. آيين‌نامه فوق العاده بدي آب و هوا؛ 12. آيين‌نامه حق مأموريت؛ 13. آيين‌نامه حق‌التدريس استادان؛ 14. آيين‌نامه جامع نرخ‌ها و دستمزدها و 15. آيين‌نامه مکاتبات اداري؛
16. آيين‌نامه مالي و معاملاتي واحدهاي حوزوي.
افزون بر اين، در اين بخش سياست‌هاي کلان حوزه‌هاي علميه در استقرار، تأمين فضا، امکانات و تجهيزات واحدهاي حوزوي به تصويب رسيد.
8. تنظيم روابط حوزه‌هاي علميه با ساير دستگاه‌ها
يکي ديگر از رويکردهاي جديد در شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، نظام‌مند ساختن روابط حوزه‌هاي علميه با ساير دستگاه‌هاي حاکميتي است. در اين خصوص، اقدامات ذيل صورت گرفت:
1. تصويب سند استقلال حوزه‌هاي علميه. در اين سند، مفهوم استقلال به «حق تصميم‌گيري در حوزه مأموريت و جلوگيري از ورود دستگاه‌هاي بيرون از حوزه علميه در تصميم‌گيري‌ها، در عين ارتباط اثرگذار و سازنده با محيط پيرامون» تعريف شده است. در اين سند، «محيط» چنين تعريف شده است به: «کليه عواملي که خارج از نهاد حوزه علميه هستند و مي‌توانند بر کل يا اجزاء حوزه علميه بالقوه يا بالفعل تأثير بگذارند، مانند ارکان سه گانه حاکميتي نظام، دستگاه‌هاي اجرايي، مردم، سازمان‌هاي مردم نهاد و مانند آن».
بر اين اساس، اولاً نهاد حوزه در تصميم‌گيري‌هايش نيازمند تنفيذ دستگاه‌هاي بيروني نيست. ثانياً، در تصميم‌گيري‌هايش نيازمند هماهنگي با هيچ دستگاهي نيست؛ يعني صرفاً اراده خودش بر امور حاکم است.
2. تصويب نحوه ارتباط با مراجع عظام، علما و استادان به منظور ساماندهي و تعامل مؤثر و مستمر شوراي عالي حوزه‌هاي علميه.
3. تصويب شوراي تخصصي حوزوي، به‌عنوان خط ارتباطي و تعامل حوزه‌هاي علميه با شوراي عالي انقلاب فرهنگي.
4. تشکيل کميته امور موقوفات، به منظور ساماندهي امور اوقاف حوزه‌هاي علميه با همکاري سازمان اوقاف و امور خيريه با توجه به مصوبه شوراي عالي. موقوفات، راهبرد اصلي تأمين منابع مالي حوزه‌هاي علميه محسوب شده است.
5. تعامل نظام‌مند حوزه‌هاي علميه، با دولت و مجلس شوراي اسلامي در مسائل کلان حوزه‌هاي علميه، به صورت انحصاري از سوي شوراي عالي حوزه‌هاي علميه صورت مي‌گيرد. با توجه به تأكيدات مقام معظم رهبري مبني بر واحد بودن کانال ارتباط با دولت. در اين زمينه، در برنامه پنجم توسعه کشور، پيش از تصويب در مجلس شوراي، اسلامي در خصوص حوزه‌هاي علميه پيشنهادسازي لازم انجام شد.
مطالعه و ظرفيت‌يابي قانون برنامه پنج‌ساله، به‌عنوان ايجاد بستر قانوني براي تعامل دولت و حوزه‌هاي علميه، دومين اقدام در اين بخش است. اين تعاملات، در چهار بخش زير دسته‌بندي شد و به معاونت نظارت راهبردي رئيس جمهوري ارسال گرديد:
1. مواد تکليفي: مأموريت‌هايي که به نهاد حوزه علميه محول شده است.
2. مواد مأموريتي: مواردي که مستقيماً به حوزه علميه محول نشده است، ولي در ارتباط با مأموريت‌هاي حوزه علميه مي‌باشد.
3. مواد مشارکتي: مجموعه گسترده‌اي از مواد مرتبط که دست‌يابي مطلوب‌تر به اهداف مورد نظر قانون‌گذار، منوط به حضور و مشارکت حوزه‌هاي علميه است.
4. مواد حمايتي: موادي که دولت به‌عنوان حامي بعضي از دستگاه‌ها نقش بازي مي‌کند و اين مواد، مي‌تواند شامل حوزه‌هاي علميه باشند.
9. ساير اقدامات 
از جمله اقدامات ديگر در بخش زيربنايي، مي‌توان به اين موارد اشاره کرد: تدوين و تصويب اساسنامه صندوق حمايت از پژوهشگران حوزوي، آيين‌نامه جشنواره علّامه حلّي، آيين‌نامه همايش کتاب سال، آيين‌نامه انضباطي طلاب حوزه‌هاي علميه، آيين‌نامه تشکيل شوراي فناوري اطلاعات. 
اصلاحات روبنايي
از ديدگاه شوراي عالي حوزه‌هاي علميه، اصلاحات زيربنايي، شرط لازم براي تحول حوزه‌هاي علميه محسوب مي‌شود، شرط کافي نيست. تحول اساسي زماني رخ مي‌دهد که در بخش روبنا در حوزه‌هاي راهبردي آموزش، پژوهش، تبليغ و تهذيب و... نظام‌سازي شود؛ مسئله‌‌اي که در دوره پنجم شوراي عالي، به علت حجم بالاي تحولات زيرساختي نوبت به آن نرسيد.
البته در اين دوره و براي اولين بار، برنامه آموزشي حوزه‌هاي علميه، براساس منطق خاصي برنامه‌ريزي شد؛ يعني آموزش طلاب براساس سه مرحله: 1) آشنايي 2) شناخت 3) تسلط صورت‌بندي شد، مقرر گرديد دروس در اين قالب ارائه گردند. به‌عنوان نمونه، در آموزش فقه، در ابتدا دروسي براي طلاب در حد آشنايي با آن علم تدوين مي‌شود. سپس، دروسي براي شناخت کامل با آن علم، و در نهايت، دروسي براي تسلط بيشتر. طلاب طي 10 سال، دروس مختلف را بر همين اساس طي مي‌کنند. ضمن آنکه، کتب حوزوي نيز براساس همين منطق دسته‌بندي مي‌شوند و متون آموزشي تدوين مي‌گردند.
مراحل، اهداف و شاخص‌هاي اين سه مرحله را در جدول ذيل مي‌توان مشاهده کرد:
مراحل    اهداف    حوزه‌ها    شاخص‌ها
1. آشنايي    اهداف‌شناختي    مفاهيم    آشنايي با اصطلاحات و مفاهيم اساسي علم به صورت اجمالي
        گزاره‌ها    آشنايي با مسائل و قواعد کلي علم
        ساختار    آشنايي با ساختار کلان علم، بدون دانستن تحليل روابط
    اهداف مهارتي    توانايي بازگويي    توانايي بازگويي عين مباحث ارائه شده (يادگيري در حد حافظه)
        توانايي کاربرد    توانايي تطبيق مفاهيم و قواعد مهم و اساسي بر مصاديق و موارد
2. شناخت    اهداف‌شناختي    مفاهيم    1. فهم اصطلاحات و مفاهيم اساسي علم با تکيه بر مبادي تصوريه
2. آشنايي با مفاهيم فرعي و جزئي علم
        گزاره‌ها    1. فهم مسائل و قواعد اساسي علم با استناد به مبادي تصديقيه
2. فهم مسائل و قواعد فرعي و پرکاربرد علم
        ساختار    1. فهم ساختار و خرد و تفصيلي علم در قالب کتاب
2. فهم و تحليل روابط (علت ترتب مباحث بر يکديگر)
    اهداف مهارتي    توانايي بازگويي    1. توانايي مباني مطالب متن به زبان خود
2. توانايي تلخيص از طريق تشخيص عناصر اصلي از فرعي و توانايي توضيح از طريق ارائه نمونه‌ها و شاهدها
3. توانايي ترجمه از زبان عربي به فارسي در حد جملات
        توانايي کاربرد    1. توانايي تطبيق قواعد جزئي بر موارد
2. توانايي قرائت متن با اعراب صحيح
3. توانايي فهم متون متوسط عربي
4. توانايي تطبيق انواع استدلال‌ها
3. تسلط    اهداف‌شناختي    مفاهيم    1. فهم تعاريف مختلف مفاهيم اساسي علم
2. نقد تعاريف با هدف دست‌يابي به تعريف برگزيده
3. فهم کامل مفاهيم جزئي
        گزاره‌ها    1. فهم اقوام مختلف در مورد مسائل اساسي
2. آشنايي با مباني اقوال مختلف
3. فهم کامل قواعد فرعي و جزئي (باقيمانده از مرحله دوم)
4. فهم موارد استثناء
        ساختار    1. فهم ساختارهاي ديگر آن علم
2. فهم نقد ساختارهاي علم
3. فهم ساختار بهتر همراه با دليل آن
    اهداف مهارتي    توانايي بازگويي    1. ترجمه متون علمي همتراز کتاب آموزشي
2. توانايي تبيين ديدگاه‌هاي مختلف به صورت نقل قول غير مستقيم
3. توانايي نوشتن مقاله علمي ترويجي
        توانايي کاربرد    1. توانايي تشخيص وجوه اقوال مختلف
2. توانايي فهم متون پيچيده
3. توانايي تحليل منطقي متون علمي
4. توانايي تشخيص مغالطات و جدل از برهان
نتيجه‌گيري
آنچه بر اهميت نقش آفريني حوزه‌هاي علميه پس از انقلاب اسلامي مي‌افزايد، تغيير دائمي فرهنگي و فضاي بين‌المللي است. هر چه شدت و گسترش تغيير افزون‌تر باشد، نهادها و سازمان‌هاي فرهنگي، بايد هوشيارتر و به هنگام‌تر اقدام نمايند. حوزه‌هاي علميه نيز لازم است با درک زمان و حتي پيش‌بيني تغييرات آينده، با استقبال از بهسازي لازم از درون، بر تأثيرگذاري خود در بيرون بيافزايد. اينجاست که لزوم تحول حوزه‌هاي علميه، به‌عنوان يک ضرورت رخ مي‌نمايد. با تعريف سابق از حوزه‌هاي علميه و تطبيق با شرايط پيش از انقلاب، نمي‌توان به نيازهاي دائمي جامعه، نظام اسلامي، جامعه بين‌المللي و حتي نيازهاي اختصاصي حوزه‌هاي علميه پاسخ داد. نگاه‌ها و تفکرات بايد تغيير کند و حوزه‌هاي علميه به‌عنوان نهاد پاسخگو به نيازهاي زمانه ديده شود. اين مهم ميسر نيست، جز با تغيير نگرش‌ها و بينش‌ها.
تغيير نگرش‌ها، يعني اتخاذ تفکر راهبردي و به تبع آن برنامه‌ريزي راهبردي، اجراي راهبردها و ارزيابي آنها؛ مسئله‌اي که در دوره پنجم شوراي عالي حوزه‌هاي علميه و در اعضاي آن اتفاق افتاد و حوزه علميه را به‌عنوان نهادي تأثيرگذار و پاسخگو به محيط در تمام ابعاد آن، محسوب کردند و بر اين اساس، به اصلاحات و تحولات زيربنايي و روبنايي پرداختند. آنچه در اين دوره رخ نمود، تحولات از سنخ زيربنايي به‌عنوان شرط لازمِ تحول حوزه‌هاي علميه بود. اعضاي شورا تحول اساسي را تحول در کارکردهاي اصلي حوزه علميه مثل آموزش، پژوهش، تبليغ و تهذيب مي‌دانستند و نقطه عزيمت اين تحول را در نظام آموزشي تربيتي حوزه‌هاي علميه قرار دادند.